1、香菇种植基料混配的比例很重要，每种原料都必须严格按照合理科学的比例进行混配，纠正“越多越好”的错误观念。针对某些微量元素，在掌握尺度上，我们尽量本着“宁少勿多”的原则，如果某一种原料成分超过上限，可能造成相反的效果。比如石灰、过磷酸钙、石膏、尿素等原料添加招标便可能烂棒。另外，水分过大，原料混拌不均，或者原料混拌后没有在短时间内高温灭菌消毒，使基料变酸，PH值发生变化也会导致烂棒现象发生。
2、在养菌的过程中，养菌场地长时间通风不良，致使场内氧气不足，二氧化碳含量超标，菌丝活力减弱，发生回菌退菌现象，导致菌丝发育受到抑制也会发生烂棒现象。
3、在菌丝发育阶段由于场地持续高温，特别是在刺孔放气时堆温骤然升高发生“烧菌”现象，造成菌丝萎缩甚至死亡。
4、养菌场地遮光不当，菌袋被阳光直射，紫外线灼伤菌棒内的菌丝，出现局部淌黄水或者红水，引发溃烂传染。
5、菌棒补水超标，或者补进菌棒内水分温度偏高，碰巧赶上高温潮湿天气，如果管理时处理不及时很容易造成烂棒现象发生。另外，菌棒补水后没能有效出菇，导致菌棒内水分不能随着出菇带出，也是导致烂棒发生的原因。
6、采菇作业时没有及时清理菇根，或者由于采菇手法有误，带出大块菌料，造成菌棒受伤，喷水后很容易造成有害霉菌滋生，导致菌棒溃烂松散。
