常见食用菌中具有保健作用的有灵芝、杏鲍菇、猴头菇、巴西蘑菇、黑木耳、茯苓、冬虫夏草、银耳等各类菌类，具有以下保健作用。
1.抗肿瘤
食用菌普遍含菌多糖和真菌寡糖，具有抗肿瘤活性，如巴西蘑菇、灵芝、茯苓等，是配合放疗、化疗、手术辅助治疗肿瘤，消除放射、化疗的副反应，治疗神经官能症良好的保健食品。科学研究表明，众多的高等真菌抗癌新药的重要来源之一。现已广泛栽培的香菇、杏鲍菇、灵芝、灰树花、猴头菇等，野生食用菌中的松茸、苦白蹄、云芝等都具有抗肿瘤癌的作用，香菇、金针菇、杏鲍菇和松茸的抗肿瘤癌活性分别达到80.7%，81.1%，86.5%，91.8%。食用菌中抗肿瘤癌的活性成分主要是菌类多糖、多糖肽、双链RNA等。
2.增强免疫力
长期食用菌类食品，能增强机体综合免疫水平。食用菌的多种药用作用都是通过这些免疫水平提高达到的，而不是像西药那样的快速见效。也正因如此，食用菌成了我国传统的中药，在古代多种农书、医术中都有固本、益气、补中、解毒等功效的记载，如灵芝、灰树花等。
3.预防和治疗心脑血管疾病
常见的这类疾病有高血压、高血脂、动脉粥硬化、脑血栓等。长期食用菌类食品，能有效预防这些疾病，对心脑血管疾病患者也有较好的辅助疗效。有关医学研究表明，长期使用香菇、杏鲍菇、平菇、金针菇等食用菌，可以降低人体血清中的胆固醇含量；木耳和毛木耳含有破坏血小板凝聚的物质，可以抑制血栓形成；凤尾菇通过降低肾小球滤速，起降血压作用，对肾型高血压有较好食疗效果；灵芝可有效降低人体的血液粘稠度。因此，食用菌是各种心脑血管疾病患者的理想食疗食品。主要是由于食用菌中的各种不饱和脂肪酸、有机酸、核算、多糖类物质。
4.保肝解毒、抗菌消炎
食用菌产生多种抗生素，可消炎去痛。肝脏是人体“化工厂”，参与蛋白质合成、化学物质的代谢解毒，灵芝香菇这类对多种实验性肝脏损伤具有保护作用。
5.降血糖和其他
银耳、黑木耳、猴头菇等所含多糖能降低实验性糖尿病动物的血糖。此外，除上述药用功能外，食用菌还有抗病毒、调节内分泌、保肝护肝、清热解毒、镇静安神、化瘀理气、润肺祛痰、利尿祛湿等功效。
