我们俗称的羊肚菌实际上是一个属的概念（类群的概念），就像我们称呼所有的“狗”一样，具体一点，有蝴蝶犬、哈士奇、藏獒、贵宾、吉娃娃等等。而羊肚菌对应的品种名有：粗柄羊肚菌、梯棱羊肚菌、六妹羊肚菌、杨柳半开羊肚菌、泛美羊肚菌等等，目前记录在案有名字的羊肚菌有327种（http://www.indexfungorum.org 截止2016年5月），当然这里面记录的羊肚菌种之间有重复命名现象。
为何羊肚菌会有这么多种呢？
对羊肚菌有过初步认识的人应该都知道，羊肚菌不单单在中国发生，她实际上是一个全球分布的品种，特别是在整个北温带范围内，从高山到平原都有她的身影。正是因为羊肚菌生长在这样广阔的环境下，在不同区域内自然进化，相应的就形成了不同的品种。
同时，同一个品种在不同的环境下，水分、空气湿度、光线强弱等等都会对羊肚菌的形态产生不同的影响，这就很容易导致误认为她们是不同的品种。这就是早些年，还没有基因分子鉴定技术之前 很多记录在案的名字实际很难辨别真伪的原因所在。
现代科学的发展也为羊肚菌究竟有多少品种给出了答案。根据近年来的多基因联合一致性系统发育分析看，羊肚菌可以划归为三大类群，黄色、黑色和变红类群，（这里需要说明的是变红、黄色和黑色不是指品种的名称，是指一个类群的总体特征，颜色只是一个重要的特征，但不代表一个标本的颜色发黑就称之为黑色羊肚菌），三个大类下面总计68系统发育学种。下图中的右下角的就是变红羊肚菌，其发育历史比黑色羊肚菌和黄色羊肚菌还早，中间和上面的分别是黑色和黄色两种。前面所说的六妹羊肚菌其实就是依据其分子分类的系统发育学地位而定，她是黑色类群里面的第六个，所以叫六妹羊肚菌（Morchella sextelata），实际上还有一个与她非常想象的，可以说是她的双胞胎妹妹的，七妹羊肚菌（Morchella septimelata），对的，就是排行老七。
窈窕白净的六妹羊肚菌
变红羊肚菌仅在北美和欧洲的地中海沿岸有所报道，中国目前没有发现。根据Du et al.近年来的研究可知，我国存在30个系统发育学种，其中黑色羊肚菌类群13个，黄色羊肚菌类群17个，云南、四川是羊肚菌资源最为丰富的地区。进过山、采过样的朋友们应该能感受到，实际情况可能不止这么30种！
摘自（O’Donnell et al. 2011）
羊肚菌的进化历程
根据近年来的研究可知，羊肚菌科的形成发生在距今246.63百万年前的三叠纪中期，在侏罗纪（Jurassic）晚期，在北美的西部地区，分化出羊肚菌属的基础类群，也就是变红羊肚菌，随着时间的推移，到了白垩纪（Cretaceous）的早期（距今129.61百万年前），这时候我们现在常见的黄色羊肚菌和黑色羊肚菌开始分化形成；之后，从北美西部，羊肚菌开始随着逐渐向北美东部扩散迁移；再之后，一些种开始通过图林北大西洋陆桥迁移到欧洲，大部分的羊肚菌种则通过白令大陆桥迁移传播到亚洲地区，繁衍生息，形成了当今形形色色的羊肚菌。
摘自(Du et al. 2015)
