普通羊肚菌密码子偏好性分析

【作者】吕贝贝 吴潇 蒋玮 于海龙 金剑锋 陈雷 谭琦 唐雪明
【机构】上海市农业科学院生物技术研究所 上海市农业遗传育种重点实验室 上海市农业科学院食用菌研究所农业部南方食用菌资源利用重点实验室国家食用菌工程技术研究中心国家食用菌加工技术研发分中心上海市农业遗传育种重点开放实验室 上海市农业科学院农业科技信息技术研究所 南京野生植物综合利用研究院
摘要：采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明:普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU值大于等于1的密码子总共35个,其中以G或C结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。
基金：上海市农委项目[沪农青字(2016)第1-16号]； [沪农科攻字(2015)第5-6号]和[沪农科攻字(2015)第(6-1-5)号]资助；
关键词：普通羊肚菌; 编码序列; 密码子偏好性; 优越密码子;