菇床选择。应选择避风向阳，近水源、排水畅、家禽家畜危害少的空地或耕地，或果园的林间空地挖制菇床。菇床畦南北向，深10厘米左右，宽1米，长任意。床中央留一条10厘米左右宽的水泥埂或留一条小沟即成。挖好菇床后，再用1%石灰水或石灰粉消毒。
培养料配制。有机平菇培养料资源丰富，棉籽壳、麦秆、稻草、木屑、甘蔗渣、玉米芯、油菜籽壳均可培养，但以棉籽壳产量最高，经济效益好。棉籽壳培养料的配制，一般用干燥新鲜无霉变的棉籽壳96%，先曝晒1-2天，堆放在水泥场上，加入石膏2%，过磷酸钙2%，再加0.02%多菌灵或托布津农药，以防培养时杂菌污染。在此基础上还可加入少量尿素，但不能过多，否则菌丝生长好，而子实体发育差，产量反而不高。培养料拌匀后加水，随拌随加，使棉籽壳吸足水分和营养液。一般每50千克棉籽壳加水60-75千克，用手紧捏培养料，以指缝间有水滴下为度，此时约含水68%左右。由于很多杂菌喜偏酸环境，因此在生产上常将培养料配成中性或偏碱性，以抑制杂菌生长。
播种。培养料拌好后，即可铺入菇床。一般每平方米铺料10-15千克，厚约10-15厘米。铺好弄平，再接上有机平菇菌种，接菌量为每平方米4-6瓶，播种时铺一层料，下一层菌种，如此一般2-3层为宜。播后用木板轻轻地把菌种和培养料拍实，成龟背形。料面铺上旧报纸和塑膜，以保温保湿，最后在膜面上盖上草帘即可。
床面管理。床面覆盖塑膜、草帘后，有机平菇菌丝就会在料内很快生长。一般经20-30天菌丝就会长满在整个培养料上。当菌丝已发到床底时，表明料面上的菌丝已成熟。当菌丝开始在料面上形成一堆堆小米粒状的小黄珠时，表明子实体已开始形成。此时要去掉报纸，待有60%以上床面有小菇蕾时，即可架起塑膜，方法是用竹片弧形撑于畦的两边，上盖塑膜。由于有机平菇为好气性真菌，在子实体发育阶段需散射光，因此在架膜后每天应揭膜通气1-2次。当菇盖长至5分硬币大小后，要在畦沟灌水或畦面多次少量喷水，使畦内空气湿度保持在80%-90%，菇蕾就会迅速长大，并很快成为一朵朵的有机平菇了。
在子实体生长阶段若发现床面出现青绿色或黄黑色的小点，这是杂菌。应立即增加通风次数和延长通风时间，然后用生石灰覆盖。