有机茶树菇不但菌盖可食，且菌柄也非常脆嫩，应连盖带柄一起采收。应在子实体长出后，菌盖尚内卷、孢子还未大量发生时采收。可一次性采收，也可采用采大留小、采老留幼的方法分批采收，分批收获时要注意保护好幼菇。一般可采收3—4批，每100公斤干料可产鲜菇60—70公斤。
采收后的子实体剪去根部及附着的杂质即可上市鲜销，亦可烘干，分级包装、远销，也可分级后进行速冻保鲜或加工成清水罐头。方法简述如下：
1.速冻保鲜
将茶树菇分级，菇体大小尽量一致，避免在速冻过程中的温度不均匀现象。采用真空密封包装可延长保质期。先预冷至0℃—5℃，然后将温度降至零下39℃下。速冻后的贮藏温度低于零下18℃，这样保质期可达一年。
2.罐藏
工艺流程：选料预煮冷却一分级配汤一装罐一排气密封一杀菌冷却一保温入库。
操作要点：
（1）选料预煮冷却。要在菇盖尚未完全开伞时采收，菇体完整，无畸形、破损。切削去柄基部杂质。柄长控制在10厘米左右，清水漂洗，放在沸水中煮3—5分钟，捞出置于流水中快速冷却。
（2）分级配汤。冷却后捞出沥干，以菌盖大小分级，每10毫米为一级，配制2.5%食盐水，煮沸后备用。
（3）装罐。选315毫升回旋玻璃瓶，装罐量180克，加入热汤汁。
（4）排气密封。用加热排气法排气，在罐中心温度不低于80℃时封口。
（5）杀菌冷却。趁热杀菌，杀菌式为10—50分钟／100℃，采用分段冷却法冷却100℃—80℃下5分钟，80℃—60℃下5分钟，60℃—38℃下5分钟。
（6）保温入库。擦干罐头瓶表面水迹，在36℃±1℃温度下保温5天，去除不合格罐，即可入库。