选用优良菌株目前我国各地主栽的有机茶树菇优良菌株来源主要有两处，一是福建省三明市真菌研究所，其菌株菌柄粗，丛子实体数少，颜色较深，菌盖呈棕褐色，子实体耐高温能力强，产量高，但鲜菇口感稍差;二是江西广昌，其菌株菌柄细，丛子实体数多，颜色略浅，菌盖呈红棕色，产量略低，但肉质嫩，鲜菇口感好。建议菇农从正规单位直接引进母种扩繁。
使用科学配方有机茶树菇培养料含氮量过高，污染率高、出菇迟;含氮量过低，产量低。建议采用以下两个配方：木屑36%、棉籽壳36%、麸皮20%、玉米粉5%、茶籽饼1%、轻质碳酸钙1%、糖1%，pH值7～7.5;或者棉籽壳87%、麦麸10%、石灰2%、糖1%，含水量56%～60%，pH值7～7.5。
提高制袋成品率一是培养料质量。培养料要新鲜、无霉变，木屑要经后熟并过筛。培养料含水量要适宜，以紧握指缝有水渍但不下滴为度。二是菌袋制作。棉籽壳、木屑要提前24小时预湿并加入石灰堆积发酵，然后加入麦麸，拌料装袋至上灶的时间不要超过5小时。三是消毒灭菌。将料袋装进常压灶，一般每灶2500-3000袋，不宜过多。灭菌时做到“攻头、控中、保尾”，使升温至100℃的时间尽量缩短，温度达到100℃后保持16～18小时，做到彻底灭菌。四是菌种培养。有机茶树菇对光、温敏感，菌种培养要在相对恒温、避光的条件下进行，温度控制在22～26℃，培养室每隔10天检查一次，清除污染的菌种。五是菌袋接种。灭菌后料温冷却至30℃以下，装进接种箱接种。尽量减少菌袋破损。
科学安排制袋季节茶树菇菌丝在5～35℃均能生长，子实体分化适温为22～26℃，低于20℃子实体生长慢、转潮慢、菌柄短、产量低;高于28℃子实体生长快、易开伞，影响品质。高淳县5月中下旬和9月中下旬最适宜茶树菇子实体形成和生长，往前推55～60天就是合理的制袋期，一般安排在3月上中旬和7月上中旬制袋。
抓好害虫综合防治多采用物理防治和生物农药防治，出菇期尽量不用化学防治。重点搞好环境卫生，及时处理废菌袋，并对菇房内外消毒，用洁净的自来水补水。采用防虫网、黑光灯、水浸法(在菇原基出现前或采收后向菌筒灌水，水面高于料面1～2毫米，浸2天后倒掉)相结合的方法治虫。