平菇管理重点应围绕“水”字展开：采用常规栽培方式的，出菇后菌袋失水严重，需通过浸泡或注射等方法补水，以保障较高产量。对于爆发出菇且生物学效率在100%以上的菌袋，可及时清理，将下一批平菇菌袋转入出菇管理环节。
目前，大部分金针菇出菇已进入尾声，仍有约1/3的金针菇处于出菇阶段。当下可利用冷库进行反季节栽培金针菇，最大难点在于水分管理。据了解，部分金针菇出菇场所湿度偏低，导致产量未达预期。湿度不足主要源于两个问题：一是湿度检测时，检测点多集中在1.5米高，而冷库内温度呈“上高下低”分布，补水方式多采用地面洒水，使得高层区域温度偏高且湿度不足；二是当前棉籽壳原料多为大壳、短绒类型，其吸水率较低（约30%），且持水性差，导致菌袋内水分“先天不足”。
双孢菇
双孢菇预计10月下旬长出第一潮菇。需注意在出菇后对畦床进行有效补水，为第二潮菇生长创造有利条件。
木耳
此阶段昼夜温差较大，无论是黑木耳还是毛木耳，生长速度均有所放缓。此时不宜过多喷水，以延长其生长期，最大限度提高产量。
高温型香菇进入栽培末期管理阶段。随着温度降低、温差增大，香菇品质会有所提升。需要注意的是，10月完成最后一次菌袋泡袋后，需强化低温管理，在此条件下可产出一批高品质鲜菇；鲜菇采收后应及时清棚，并进行消毒杀菌处理，10月底即可准备将低温型香菇菌株的菌袋移入棚内。