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微波灭菌杀虫卵机运行时首先由微波发生器发生微波，经馈能装置输入微波腔体中；木耳香菇等物料由传输系统送至腔体中，木耳香菇中的细菌则被微波电磁场作用下所产生的生物效应和热效应杀灭。由于微波是直接作用于物料，所以杀菌杀虫温度低、速度快，有效成份的损失很小，并且杀菌杀虫卵均匀、全面，提高了香菇木耳等食用菌的品质质量。