真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）

【作者】严俊杰 张磊 谢斌 黄千慧 龙莹 谢宝贵
【机构】福建农林大学菌物研究中心 福建农林大学生命科学学院 福建农林大学园艺学院
摘要：可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。
基金：Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107)； the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302)； the China Agriculture Research System(CARS24)；
关键词：3’端可变剪接; 5’端可变剪接; 内含子保留; 外显子互斥; RNA-seq数据; 生物信息学方法; reads定位;