草菇耐低温突变菌株Vtlt-1和原始菌株V23转录组差异的研究

【作者】吕贝贝 于海龙 祝子坪 蒋玮 何建华 吴潇 李鹏 王金斌 武国干 谭琦 唐雪明
【机构】上海市农业科学院生物技术研究所 上海市农业遗传育种重点实验室 上海市农业科学院食用菌研究所 台州学院生命科学学院
摘要：为了培育草菇耐低温菌株与解析其耐低温的分子机制,采用紫外诱变的方法,选育出耐低温草菇菌株Vtlt-1,并利用表达谱芯片技术,比较突变菌株Vtlt-1与原始菌株V23的表达差异基因,筛选差异显著基因后利用GO(gene ontology)功能注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集等方法分析,结果发现与V23相比Vtlt-1表达显著差异基因共有1 600个,其中704个基因上调表达,896个基因下调表达。针对差异基因的GO功能分类结果发现:生物学过程方面,差异基因主要分布在金属离子结合、氧化还原过程、碳水化合物的代谢与核酸的结合。细胞组分方面主要与细胞核相关;分子功能中,氧化还原活性以及解旋酶活性,依赖于ATP的解旋酶活性、DNA指导的RNA聚合酶活性。KEGG注释结果发现差异表达基因主要富集在氨基酸与氮类物质的代谢、脂肪酸与生物碱的合成这两方面,此外还富集到核糖体的生物合成、细胞色素P450、RNA聚合酶、硫和氨基酸的代谢、核酸的修复等通路。这些结果为解析草菇耐低温机制提供分子依据和理论基础。
基金：国家博士后基金(2013M531197)； 上海市博士后基金(13R21421000)； 上海市市级农口系统青年人才成长计划[沪农青字(2014)第1-15号]； 上海市农委科技兴农项目[沪农科攻字2015第(5-6)号]~~；
关键词：草菇; 表达谱芯片; 耐低温; KEGG代谢通路分析;