草菇gpi基因结构及其异核体表达协同增效作用
Volvariella volvacea Glucose-6-phosphate Isomerase Gene(gpi) Model and Synergistic Gene Expression in a Hybrid Heterokaryon
【作者】 刘朋虎； 谢宝贵； 邓优锦； 陈炳智； 贵甫； 朱坚； 江玉姬； 刘新锐；
【Author】 LIU Penghu,XIE Baogui,DENG Youjin,CHEN Bingzhi,GUI Fu, ZHU Jian,JIANG Yuji,LIU Xinrui Mycological Research Center of Fujian Agricultural and Forestry University,Fuzhou,Fujian 350002,China
【机构】 福建农林大学菌物研究中心；
【摘要】 以草菇(Volvariella volvacea)单孢菌株PYd21(基因组测序菌株)和PYd15(基因组重测序菌株)为材料,配对获得可正常出菇的异核菌株H15-21。克隆测序了PYd21和PYd15的葡萄糖-6-磷酸异构酶基因(gpi),并对基因的结构和表达谱的表达量进行分析。结果表明,PYd21和PYd15的gpi基因序列相同;转录组reads定位、paired-end分析结果显示,gpi基因全长2404bp,ORF全长1659bp,编码552个氨基酸,含有8个外显子、7个内含子,5’UTR长度为101bp、3’UTR为183bp,RNA加工过程中有2种可变剪切类型、3个可变剪接位点;表达谱测序结果,PYd21、H15-21和PYd15 gpi基因的表达量分别为84.53、1079.31和270.95TPM,草菇gpi基因表达表现出异核体表达协同增效作用,暗示着异核菌株中的2种不同来源的细胞核可能存在相互作用,这一结果在实时荧光定量PCR检测后得到证实。
【Abstract】 A hybrid heterokaryon,H15-21,was obtained by mating two single spore isolates,PYd21 and PYd15,the genomes of which were sequenced by de novo sequencing and re-sequencing,respectively.Glucose-6-phosphate isomerase genes(gpi) were cloned and sequenced from both PYd21 and PYd15,and their structures were analyzed through transcriptional read and paired-end mapping.Alignment revealed both sequences to be identical,and that gpi consisted of 2404 bp with an open reading frame(ORF) of 1659 bp encoding a...
【关键词】 葡萄糖-6-磷酸异构酶； 基因结构； 可变剪切； 协同增效作用；
【Key words】 Glucose-6-phosphate isomerase； gene model； alternative splicing； synergistic gene expression effect；
【基金】 国家现代农业产业技术体系建设专项资金(编号:CARS 24)的部分研究内容
【分类号】S646.13