绒泡菌目黏菌的ITS1-5.8S-ITS2二级结构的比较分析

【作者】李倩 闫淑珍 陈双林
【机构】南京师范大学生命科学学院
摘要：为探讨核糖体DNA转录间隔区(r DNA ITS)的RNA二级结构在黏菌系统发育研究中的作用,以黏菌ITS通用引物PHYS4和PHYS5对绒泡菌目5属8种黏菌的r DNA ITS进行扩增和测序,利用RNA structure构建了ITS区的RNA二级结构模型。结果表明:ITS1在绒泡菌目黏菌中不能形成一个紧实的结构,但大部分物种都具有一段稳定的螺旋结构,可能对r RNA的成熟具有作用;5.8S r RNA的二级结构相似,由4个螺旋组成,主要为两种类型;基于5.8S r RNA和28S r RNA相互作用构建的ITS2的二级结构模型显示,它由一个封闭的多分支环和至少4个主要的螺旋组成,其中螺旋IV结构相对比较保守。由于ITS区的二级结构相比核苷酸序列更加保守,因此深入地分析其二级结构有助于认识其结构与进化的关系。
基金：国家自然科学基金(31470143&31170014)； 江苏省高校自然科学研究重大项目(12KJA180004)；
关键词：绒泡菌目; ITS RNA二级结构; 模型; 互补性碱基变化; 分子进化;