在菌种质量方面，通过抽检合格率占47-65%，主要问题体现为总体质量低下，杂菌、长速、不均匀，易出现错种、批量污染、大幅度减产等不良事故。张金霞研究员指出，大规模生产使用不同厂家菌种可降低菌种风险，同时表示检测合格不等于优质菌种，合格实质上是最低标准技术制约，本质问题不能检出，如活力、抗性等。据2007-2010年行业科技项目调查鉴定，20万吨以上大宗栽培种类具遗传特异性的品种343个，大量使用的每种当家品种4-6个。香菇大量使用品种为939、武香1、135、庆科20、L808，平菇大量使用品种为99、89、亚光1，黑木耳大量使用品种为黑威29、丰收4、延特3、新科1、黑A，品种问题普遍存在：育种者程序不规范、稳定性差、特征特性欠详，生产者受利益驱动、随意冠名、随意引种串种、种源质量差，栽培者不切实际，需求倒逼随意冠名，加剧品种混乱。例如平菇99曾有42个同物异名，目前还在增加。
张金霞研究员讲到：自2006年《食用菌菌种管理办法》实施至今，认定品种120个，含27种（变种）。自2009开始进行菌种抽检，抽检涵盖15个省，抽检食用菌种类15个， 品种320个（次），菌种厂104家（次），抽样470个。主要存在利润低，风险大，具备能力的不愿做，不具备能力的大胆做，具有技术支持能力的科研和大专远销多已不再出售菌种，为违规生产者提供了市场空间的问题。我国多省处于无人管理状态，甚至生产省仍未管理，未按要求分级生产，而是购买极少量母种，无限扩繁，1.5-2亿袋来自核发生产，占市场总量5-7%，在进出口方面，有法不依，按规定履行程序的很少，特别是进口处于失控状态，有的经林业部门办理进口手续。山东、福建、浙江、吉林、黑龙江、上海、北京的省级认定品种总量超过国家认定，认定品种的使用并不普遍，存在随意冠名更名的现象。
