张俊飚教授谈到产业发展中的主要问题：在宏观环境中，不论是从国家经济实力、经济结构转型、居民消费升级、资源压力缓解、政府重视程度等角度，食用菌产业作为“资源节约型、环境友好型”的朝阳产业、新兴产业都是具有良好的发展前景。在现实发展过程中，则需要应对和研究以下问题：产业技术中的科技创新、产业组织中的生产方式、产业结构中的结构均衡性以及产业经济政策中的财政支持等。
基于组织化水平低的现状，目前我国仍以小规模家庭作坊式的粗放型生产模式为主，导致技术水平较低，资源消耗量较大，产业内涵发展水平明显不够。农户背景下，有些技术可能是实用的，但隐含的潜在风险很大，食用菌生产方式的粗放问题逐渐凸显。随着林木资源快速利用，很多木腐菌生产主产区开始出现林木资源需求与生态环境资源保护之间的矛盾，对菌类种质资源的生存环境产生一定破坏作用以及过量采挖，导致珍稀菌类的种质资源濒临灭绝。由于长期投入不足，产业发展基础较弱：如种质资源的调查、采集、保藏和开发利用滞后于产业发展需要，完整的产业体系尚未形成等；缺乏财政支持，产业可持续发展能力十分有限；基础建设投入不足，使得产业风险增大、成本增加、盈利下降，暴利结束。面临产业支持体系不够完善的问题，在平均利润时代，菇粮作为特殊产业应该获得支持。面临着产品初级化和产业链条较短问题，产品的初级形态较多，主要以鲜销（如侧耳属类、金针等菇）、干制（如木耳、香菇等）、盐渍（如双孢蘑菇等）、速冻等为主，产业的横向拓展与纵向延伸不足，产业链条过短，产业内涵与质量不高使得对农村经济发展支撑的作用受到影响。 同时支持产业发展的科技政策未成体系，技术对产业的发展具有强大支撑力，但政府在食用菌科研层面的政策支持相对较少，技术储备几乎为零，种质创新明显不够。产业链条上的专业化生产、育种研究、菌种生产工艺及栽培设备设施研发等环节技术，较为缺乏精准化、专业化的技术模式，人才培养机制不健全也严重影响着食用菌产业的整体与可持续发展。
