近日，中国科学院微生物研究所赵瑞琳团队在期刊Fungal Diversity上发表题名为“Phylogenomics, divergence times and notes of orders in Basidiomycota”的论文。团队通过构建担子菌门系统演化基因组图谱，推断各类群的演化时间等，澄清分类问题，更新了担子菌门的分类系统。
担子菌门（Basidiomycota）是真菌界中仅次于子囊菌门的第二大类群，物种超过4万种，约占已知真菌总物种数的1/3；包含了绝大多数食药用菌、毒蘑菇等大型真菌及锈菌、黑粉菌等重要的植物病原真菌，不仅具有重要的生态价值，而且和人类经济活动关系紧密。
分类系统承载了生物多样性信息，并且是相关信息存储和快速提取的依托，在生物多样性研究、保护和可持续利用中发挥关键性的基础作用。针对担子菌门的各级分类系统存在相互矛盾、部分名称不合法、分类系统和系统发育关系不吻合等问题，赵瑞琳团队长期致力于澄清担子菌门内的演化关系（Zhao et al., 2017 in Fungal Diversity），并于2019年修订了全世界最完整的担子菌门分类系统（He et al., 2019 in Fungal Diversity）。
近期，该团队针对担子菌门近4年全球分类学研究进展，以488个物种的基因组数据为基础，通过提取1 764个直系单拷贝同源基因构建担子菌门系统演化基因组发育图谱（图1）并估算各个阶元的演化时间范围，更新担子菌门分类系统至4亚门、20纲、77目、297科和2 134属。同时编撰了担子菌门目等级的分类词典，澄清多个分类学问题，进一步稳定担子菌门分类系统。相关研究成果在中国科学院微生物所国家微生物科学数据中心相关网站（https://nmdc.cn/macrofungi/）同步更新，为多领域提供完整准确的分类信息。
图1 担子菌门系统发育基因组图谱
该项研究由25个国家的93名真菌学者共同完成，中国科学院微生物研究所贺茂强博士后、曹槟助理研究员和刘飞助理研究员为文章共同第一作者，赵瑞琳研究员为通信作者。该研究获得国家重点研发计划项目（2022YFD1200605）、国家自然科学基金（32100011, 31961143010, 31970010）等多个项目支持。
原文链接：https://doi.org/10.1007/s13225-024-00535-w
供稿：曹槟