食用菌的遗传性相对是稳定的，但是食用菌的变异又是非常普遍的。食用菌的变异是环境条件，如营养、光照、水分、温度等引起的，而这些变异往往是暂时的，只有通过基因的突变才能获得永久的、可遗传的变异。人们致力寻找食用菌中自然发生的或经人工诱变而产生的有益于人类的变异，并想办法把这些变异稳定下来，就能得到新菌种。人工选育良种有如下方法。
一、人工选择：人工选择是有目的地选择并累积自发的、有益的、变异的过程。首先，要确定选种目标，扩大采集范围，尽可能收集足够的、有代表性的菌株。食用菌的菇（或耳）采到后，尽快进行组织分离或单孢分离取得纯种。得到的纯种要进行生理性能测定。把选出的菌株进行品比试验，再进行扩大试验，然后才能推广使用。
二、诱变育种：利用物理或化学因素处理细胞群体，激发其中少数细胞的遗传物质发生变异，从中选出具有优良性状的菌株。紫外线、X射线等都是常用的诱变剂，还有常用的化学剂如氯芥、2―氨基嘌呤等。育种时选用在生产中应用过而发生了自然变异的菌株，选用生长快速、营养要求低、出菇早、适应性强等性状的菌株，选用对诱变剂敏感菌株等能收到较好效果。
三、杂交育种：杂交育种是一种遗传物质在细胞水平上的重组过程。因为食用菌能产生有性孢子所以能通过有性杂交育种，从而获得具双亲优良性状的新品种。杂交育种中通常通过单核菌丝配对的方式产生新的子代，也有单核与双核菌丝配对的。杂交后得到的杂合异核菌丝体要经过是否真正双核菌丝体或具锁状联合菌丝体来鉴定。
四、遗传工程：用人工方法把人的需要的某一供体生物的遗传物质DNA提取出来，在离体条件进行切割后，把它和作为载体的DNA分子连接起来，然后导入某一受体细胞，从而获得所要求的新物种。
