在有机草菇生产过程中，常可见到成片的小草菇萎蔫死亡。究其原因，主要有以下几种：
1．通风不良：草菇属高温好氧性真菌，菇农为了提高棚内温度，往往延长覆盖时间，致使棚内二氧化碳积累过多致使小草菇缺氧而死。但通风量太大，水分容易散失，也不利于草菇的生长。为解决这一矛盾，应在播种后的4天内，每天上午10点左右通风半小时，随着菌丝量的增多及“针头菇”的大量出现，通风时间要逐渐延长到每天2小时。
2．气温骤变：草菇属恒温结实型食用菌。菌丝生长的适宜温度为30℃--39℃，低于15℃或高于42℃停止生长。子实体生长温度范围为28℃--33℃，20℃以下的低温或45℃以上的高温都会使小菇蕾萎蔫死亡。因此气温低时要采取双层覆膜等措施保温，盛夏酷暑要注意喷水并搭棚遮阴降温，尽量减小菇房内的温差。
3．湿度不宜：水分是影响草菇生长的重要因素。水分不足，菌丝体生长缓慢，子实体干枯死亡；水分过多，则会使菇床通风不良，造成大量烂菇、死菇。因此要掌握适宜的湿度，一般培养料的最适含水量为70％，菌丝体生长期空气相对湿度为80％，子实体生长阶段空气相对湿度保持在90％较为适宜。
4．水温不适：草菇生长不仅需要大量的水，且对水温有严格的要求，如喷洒低于23℃的水或40％以上的水，第2天幼菇就会全部萎蔫。因此喷水要在早晚进行，水温以30℃左右为好。
5．环境偏酸：草菇喜偏碱性的生长环境，当培养料偏酸时(pH值6．5以下)，就难以长成菇且易受到杂菌的侵染。故配料时加入的石灰量要达到5％，每采完—潮菇后要喷1％的石灰水或4％的草木灰水，提高pH值。
6．采摘粗心：采摘时，不要碰摸正在生长的幼菇，如草菇密集丛生，要等到大部分草菇符合标准时一起采下。正确的采摘方法是：一手按住草菇的生长部位，另一只手将成熟草菇扭转提起，减少对幼小草菇的损伤。
7．病虫蔓延：栽培管理不当，会导致病虫害大量发生。培养料含氮量过高时，鬼伞大量出现，和草菇争夺培养料中的养分，造成草菇死亡，所以配料时要控制含氮量。用玉米芯、麦秸、稻草作主料时，应添加5％麸皮或4％发酵腐熟的畜禽粪。用含氮丰富的棉子壳作主料时，可不加氮源，但要注意控制螨虫危害。当料面上出现霉菌时，在污染区撒一层生石灰粉，同时加强通风降湿，抑制杂菌蔓延，保证草菇生长。