培育有机双孢菇三级菌种多以麦粒为原料，在实际生产中发现污染率较高，或出现异常现象，究其原因，就是菌种生产操作的不规范所致。现提出具体规范操作技术，供菇农朋友参考。
1.有机双孢菇原料处理：牛粪破碎处理后过筛，按1∶1.2加水拌匀，堆积发酵，每天翻堆一次，约20天左右，牛粪粉变为褐色、具有正常发酵草料的清香气味，晒干备用。无受潮的小麦，充分泡透后捞出，适当遮阴、通风，发现表皮发干时，轻喷细雾湿润，24小时后即可发芽，待麦芽长至1-2厘米时，即可使用。
如果有虫蛀麦粒，也可使用，但虫蛀后的麦粒有孔洞，淀粉易流出，所以，必须多清洗几遍;然后倒入pH值8-9的石灰水中，浸泡6小时后煮20分钟左右，至麦粒无白心时，捞出麦粒，冷水冲洗后即可。
2.有机双孢菇基本种植：麦粒(以干品计)100公斤、牛粪粉30公斤、石膏粉1公斤、碳酸钙1.5公斤。
3.基质混合：将麦粒与牛粪粉按1∶0.2比例混合，并同时拌入其他辅料，注意使牛粪全部粘附到麦粒上，水分不足时适量喷水。剩余牛粪粉待用。
4.装瓶操作：一般小批量生产多不采用标准瓶，而利用酒瓶、葡萄糖玻璃瓶等，装瓶灭菌。为降低生产成本，可用 500毫升输液瓶。先装一把牛粪粉在瓶底，约1-1.5厘米厚，再装麦粒，装瓶时稍蹾瓶，使麦粒至瓶肩以下1厘米处，然后，再装入1-2把牛粪粉，并用 “L”形工具将之摊平、压实，之后塞入棉塞。
5.有机双孢菇灭菌冷却：采用高压灭菌方法，压力维持在0.15兆帕，保持2-2.5小时。灭菌结束后，压力下降至零后，可取出料瓶，移入冷却室或接种室，室内提前3天清理干净，并喷洒百病傻溶液，料瓶降温至30℃时即可接种。
6.有机双孢菇接种操作：室内喷洒一遍赛百09溶液后，将原种用75%酒精擦洗一次，打开接种净化机，10分钟后即可开始接种操作。每瓶(500毫升)原种可接40瓶以上。