有机黑木耳是一种木腐菌，属于中高温型菇类，按照有机方式栽培，其菌丝生长温度范围为6～35℃，最佳为22～28℃；耳片温度范围在15～35℃，最适温度为20～28℃。有机黑木耳栽培中的常见问题如下：
1、杂菌率高。品种选择不当，导致有机黑木耳菌种退化，消毒时间不够或温度低，接种时消毒不彻底，环境卫生差，培养室湿度过大，培养温度高致使烧菌，浇水不当致使水分进入袋中，高温期出耳引起烧袋，栽培场地消毒不好，杂菌袋检查去除不当，袋料含水量高，酸碱度调不当，脱袋、脱壁。
2、前期有机黑木耳菌袋菌丝生长缓慢。品种选择不当，菌种退化，装量过多透气性不好，通风不好，温度过低。
3、烧菌。培养温度过高，摆放层数过多，催芽密度过大通风不良，高温期出耳日光爆晒。
4、出耳不齐。菌种退化和老化，划口质量不均一，困菌不当。
5、耳片生长缓慢。品种选择不当，菌种退化，感染杂菌。
6、烂耳、流耳。品种选择不当，菌种退化，感染杂菌，采摘时期不当。
7、管理不当，管理粗放是形成以上问题的主要因素。
