我国双孢蘑菇生产存在的问题主要有：单产低，生物学效率低；病虫害发生严重，影响了蘑菇的产量和质量。
1．单产低 解决问题的方法应是使用优质高产菌株。目前2796菌株生产上使用较多，产量比较稳定，应用二次发酵。
2．病虫害发生严重 病虫害是蘑菇栽培中的一个国际性问题，严重影响蘑菇的产量与质量，必须综合防治才能达到预期的目的。生产中应注意：①保持环境卫生，调节好菇棚温、湿、气之间的矛盾；②确保堆肥质量，推行二次发酵，适时播种，及时覆土，覆土材料用前认真作消毒和灭虫处理；③发生病虫害时应及时用药物防治，将损失控制在最小范围；④与绿色植物轮作倒茬，避免重茬现象影响产量。
