喷水增湿过量。菌袋开口增氧盖纸后，未及时喷水，袋内呼吸旺盛，水分蒸发快，穴口菌丝干枯，原基难以形成。有的栽培者一见原基形成，就仿照黑木耳疏基一样进行喷枪直冲，把原基冲走。银耳原基为一粒或一朵，喷水过量，影响出耳率和幼耳；加之关门喷水，通风不良，造成霉菌发作而烂耳；也有的因栽培架过高，喷水时高层喷不到水，底层又过湿，造成高低层出耳不齐，甚至高层缺水，子实体发育不良。
房棚结构不妥。老房栽培银耳，多为单门，缺窗口，空气不对流，因此靠门口的通风好，长耳优，靠里面的长耳较差。有的栽培房上方不设通气窗，喷水增湿后水蒸气上升，下滴流淌聚在栽培架顶层的耳袋上，造成顶层菌袋烂耳。
菌种质量差。菌种本身不纯，带有杂菌或病毒，尤其是放射菌，混在菌种内，接种后萌发力极强，压倒银耳菌丝，以致无法出耳；有的因香灰菌丝退化，接种后初期走势正常，呈黑色，中途逐渐退成白色而消失，以致整批不出耳；也有因制种过程两种菌丝配比失调，香灰菌丝过旺占优势，而银耳菌丝受到抑制，致使出耳缓慢或出耳率不高。
防虫不及时。在菌袋开口撕布前，没有喷洒农药，开口后螨虫钻进穴口咬吃菌丝，无法出耳，也有的门窗没安装纱窗，尤其是春季原基分化成幼耳时，成群虫婴蚊从窗口飞入，且繁殖率极高，在穴口产卵形成幼虫，钻进穴内咀食菌丝，造成成批失败。
