在无菌条件下操作，黑木耳用整块菌种接入，接种后转入培养室培养。培养室应事先打扫干净，用硫磺熏蒸消毒或用5%的苯酚或过氧乙酸喷洒墙壁、空间及地面。待药剂的气味散发后，再搬进接种后的菌袋堆成平行堆或“井”字形。菌丝进入以下几个生长期。
（1）萌发期：即接种后15d内，室内温度头10d以26～28℃为宜，使菌丝在最适的环境中加快吃料，定植蔓延，占领培养料，成为优势，减少杂菌污染，但不宜超过30℃。10d后随着菌丝的生长发育，袋内温度逐渐上升，一般袋温会比室温度高2～3℃，因此，要把室温调节在22～24℃。
（2）健壮期：20d后是菌丝分解吸收营养能力最强阶段，菌丝呈现旺盛、健壮，新陈代谢加快，袋温继续升高，室温以22℃左右为宜。此时因特别注意散堆，防止气温反常，应加大通风次数。
（3）成熟期：即40d之后，菌丝进入生理成熟阶段，即将由营养生长过渡到生殖生长。袋温逐渐下降保持20℃左右，观察温度变化，注意菌筒变化，及时散堆，避免“烧菌”。发现大部分菌袋的接种块处有原基现出时转入出耳管理。
