食用菌菌种培育过程中随着菌龄的增加，养分不断消耗，菌种必然会出现老化现象。菌种老化的具体内在表现是其生命力衰退，色素分泌增加（多数菌种发黄），细胞中空泡增多，甚至破裂。老化菌种的外观特征是菌丝发干，干瘪，甚至表面出现厚菌皮，或有粉状物，菌体干缩，气生菌丝倒伏，与瓶（袋）壁分离，还可能有红黄水出现。老化的菌种在应用到生产中会出现接入培养料后表现为菌丝生长慢、抵抗杂菌能力弱、出菇迟，出菇（耳）盖（片）小肉薄，严重影响产量。严重老化者菌种菌种不定植，不吃料。菌种老化是一种生理现象，不会遗传。现在的菌种还是原来的菌种，基因型不会发生改变，这是与菌种退化的最根本区别。
据有关学者介绍：菌种老化与线粒体DNA的改变及类质粒DNA （Plas-mid-like DNA，简称PIDNA）的存在密切相关。PIDNA的产生和插入可能是造成老化的一个重要原因，PIDNA的产生和反转录酶有关，可以自我复制，并能在菌丝中转移。
食用菌同仁在生产实践中，一旦发现菌株出现了异常情况，需要确定菌种是老化还是退化，还是与菌种外界培养条件发生变化而引起。如果是因菌种老化或外界条件变化引起的异常，更换新的培养基及采取适合的培养条件后菌株生长就会恢复原状；如果是因菌种退化而引起，只有重新进行菌株分离或采取对原菌株进行杂交、诱变等措施。至于有些业内人士所说的把退化的菌株如何提纯复壮，如何返老还童，使其恢复到原菌株的生长状况。笔者个人认为这不太可能，既然菌种退化是基因型发生改变，染色体发生重组，那么再怎么努力，也不可能使退化的菌种恢复原貌，除非这个基因再突变回来，不过这种可能性太小了。
假如我们从业者在食用菌栽培过程中，出现菌丝生长正常，子实体也无明显变化，而仅仅是出菇有了早晚，产量有了高、低，就不能认为是菌种退化了，而很大的可能是菌种质量不好或有点老化，或栽培的某些条件不利等引起的。因为环境因素是错综复杂的。
防治菌种老化的措施很多：一、一级母种不要无限制转管，菌丝长满斜面后3—7天即可投入使用。二级种满瓶后7—8天最适于扩转三级种。如果来不及使用，应及时保藏，母种可置4℃冰箱中保存3个月，二级菌种在凉爽、干燥、清洁的室内避光保藏在l 0℃以下，不宜超过3个月。其目的是保持菌种的优良性状，降低菌种的衰亡速度，从而也有效地防止菌种退化。二、菌种培养基营养尽可能营养搭配合理，切忌过于贫瘠。三、菌种切忌高温培养，特别注意的是菌种生长有最快生长温度，多数同仁为了使菌种快速生长将其放入最快温度下培养，笔者认为菌种最快生长温度并不是最适生长温度，在最快温度稍低点温度生长，菌丝虽然生长稍慢，但菌丝健壮有利，生物量足，其老化的速度也慢。参考文献略【作者myb转载请注明来源于易菇论坛】
