黑木耳还有多种药用价值，是一种珍贵的药材。据《本草纲目》中记载，木耳性甘平，主治益气不饥等，有补气益智，润肺补脑，活血止血之功效。
现代医学研究表明，如果每人每天食用5-10克黑木耳，它所具有的抗血小板聚集作用与每天服用小剂量阿司匹林的功效相当，因此人们称黑木耳为食品阿司匹林。阿司匹林有副作用，经常吃会造成眼底出血，而黑木耳没有副作用，更受人们青睐。
黑木耳具有显著的抗凝作用，它能阻止血液中的胆固醇在血管上的沉积和凝结。由于黑木耳的抗血小板聚集和降低血凝作用，可以减少血液凝块，防止血栓形成，对延缓中年人动脉硬化的发生发展十分有益，不仅对冠心病，对其他心脑血管疾病以及动脉硬化症也具有较好的防治和保健的作用。
黑木耳含有丰富的植物胶原成分，它具有较强的吸附作用，对无意食下的难以消化的头发、谷壳、木渣、沙子、金属屑等异物也具有溶解与氧化作用。常吃黑木耳能起到清理消化道、清胃涤肠的作用。特别是对从事矿石开采、冶金、水泥制造、理发、面粉加工、棉纺毛纺等空气污染严重工种的工人，经常食用黑木耳能起到良好的保健作用。
