高通量测序检测金针菇RNAi转化子插入位点及拷贝数

【作者】丑天胜 王威 施乐乐 卢园萍 邓优锦 谢宝贵
【机构】福建农林大学生命科学学院菌物研究中心
摘要：本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转化至金针菇菌株并通过PCR检测筛选标记而得到。通过BLAST将转化子测序的reads对外源载体和基因组定位,找到具有基因组序列(GS)和外源载体序列(ES)两种序列的临界reads,并据此使用PERL语言程序成功在转化子1382R3菌株中找到两个插入位点。对两个插入位置的序列分析表明:在插入位点1,T-DNA片段部分插入;在插入位点2,T-DNA全部插入到基因组。两个插入位点都对基因组内源基因的表达造成了一定的干扰。此方法拓宽了高通量测序技术的应用范围,将其运用到遗传转化插入位置和拷贝数的研究中,有利于食用菌的功能基因组及基因工程研究。
基金：国家重点基础研究发展计划(2014CB138302)； 国家自然科学基金(31470107)；
关键词：基因组重测序; 农杆菌介导转化; 金针菇; 高通量测序;