另外，菌渣还可用作燃料。将出菇后的食用菌废弃物晒干保藏，用于菌种培养基和培养料的灭菌燃料，已在生产中广泛应用。利用菌渣还可发展沼气，河南西峡县是食用菌生产大县，目前已发展沼气5000户，每年有5000吨菌渣投入沼料使用。
在环境治理方面，食用菌也可作为生态环境修复材料。例如，菇渣中含有大量的漆酶、多酚氧化酶以及过氧化物酶等多种降解酶类，这类酶不仅可以降解木质素，还能有效地降解萘、菲、吡等多环芳烃类的化合物。
高效转化模式
菌业循环是以食用菌产业为纽带，链接种植和养殖业，实现农业废弃物资源高效循环利用。它赋予了食用菌产业在大农业生态体系中“还原者”的重要地位，成为原料和能量循环的“枢纽”。
“作物—食用菌”多级循环模式，是将大田作物秸秆、谷物糠麸、棉籽壳和甘蔗渣等作为培养食用菌的原料，菌渣和菌床废弃物则作为大田作物的肥料，并根据食用菌与作物生态互补互促关系采用大田套种或轮作的种植方法。
“作物—食用菌—畜禽”循环模式是将大田作物秸秆、谷物糠麸等用作培养食用菌的原料，栽培食用菌的下床料可作为农作物优质有机肥，也可作为禽畜饲料发展养殖业。禽畜粪便既可作为作物有机肥料，也可与农作物的秸秆一道作为食用菌的原料，进一步提高农业资源的利用率。
“农作物—食用菌—蚯蚓—作物”循环模式，是用食用菌下脚料养殖蚯蚓，这比常规用马粪发酵养殖蚯蚓效果好，蚯蚓繁殖速度快。蚯蚓不仅具有较高的药用价值，而且是轻化工农业不可缺少的原料，因此，该模式还可“变废为宝，化害为利”。
“工农业副产品—昆虫养殖—食用菌—农作物”循环模式即利用工农业副产品如锯末、酒渣、蔗渣、豆腐渣加适量米糠、麦麸培养昆虫如蝇咀，蝇咀的蛋白质含量高，可作为动物优质添加饲料，也可以提取几丁质、抗生素、凝聚素等物质。
“农作物—食用菌—沼气—有机肥料”循环模式是将大田作物秸秆、谷物糠麸等用作培养食用菌的原料，栽培食用菌的下脚料放入沼气池发酵产生沼气，而沼气的废渣又是优质有机肥;同时沼气渣经处理后，也可作为蘑菇生产的原料进入再次循环，沼气废液还田是优质有机肥。