一、滑子菇发菌阶段常见的杂菌及特征曲霉：栽培袋中最常见的是曲霉，发病初期出现白色绒毛状菌丝体，扩展蔓延较慢，菌落较厚，很快转为黑色或黄绿色的颗粒性粉状霉层，抑制滑子菇菌丝生长。青霉：滑子菇生产过程中最易感染的是青霉属的霉菌，危害十分严重。青霉的菌丝生长不快，但很快长出绿色的分生孢子，形成一片蓝绿色粉状霉层，能明显抑制滑子菇菌丝生长。绿霉：菌丝生长很快，产生绿色的分生孢子斑，严重时造成栽培袋大量报废。链孢霉：也叫红色面包霉，这种霉生长特快。发病初期呈白色黏糊状。在条件适宜时5—10天形成桔黄色面包状物。严重时由接种点或栽培袋破损处长到袋外，形成巨大的桔黄色菌落，碰触后孢子很容易散发到空气中。毛霉：俗称长毛菌，菌丝稀疏，生长迅速。表面形成很厚的白色棉絮状菌丝团，逐渐出现细小黑色的球状分生孢子囊。
二、杂菌污染的原因接种时间过晚：2月中旬至3月中旬为最佳的接种时间，进入4月份因天气已转暖易感染杂菌。培养基灭菌不彻底：灭菌时间或压力不够；灭菌时袋量过多、过紧不透气或摆放不合理都易感染杂菌。 菌种带杂菌：主要表现在菌种块上或周围感染杂菌。接种操作造成感染：主要是由于接菌场所消毒不彻底或接种时无菌操作不严格。培养过程中感染：培养室环境不卫生，高温高湿等均是造成污染的原因。破损出现污染：灭菌操作或运输过程中不小心，造成栽培袋出现微孔。培养基混八针叶树种木屑：因松树木屑含有杀菌物质，可抑制滑子菇菌丝生长，菌丝不吃料。阳光直射菌袋（盘）：发菌棚有散射光即可，如阳光直射栽培袋（盘），菌丝生长会受抑制。通风有死角：菌丝生长的过程中需要氧气，发菌期通风良好，可促进菌丝生长。
三、综合防治措施为确保滑子菇正常生长，达到高产的目的。应坚持“预防为主，综合防治”的方针，保持接种场所、工具、接种人员的清洁卫生，以防传递感染。1、场地：选择地势较高、通风良好、水源清洁、远离畜禽舍等污染源的场所做栽培场。2、把好培养基和生产程序关：选择新鲜、干燥、无霉变的培养料，培养料含水要适宜，拌料要均匀，当天配料当天分装灭菌。3、 培养基灭菌要彻底：保证灭菌的压力和时间，高压灭菌时排放冷气要完全。4、接种要严格无菌操作：灭完菌的培养基应直接进入洁净的冷却室或接种室，接种动作要迅速准确，防止杂菌侵染。5、 注意环境卫生：培养室和出菇场事先要严格消毒，培养过程中要加强通风换气，严防高温、高湿。6、定期检查：发现污染要及时处理，如果杂菌发生严重，将其深埋或烧毁，切忌到处乱扔或未经处理就脱袋摊晒。7、科学用药：对已经污染的菌袋或盘要及时用食用菌专用灭菌剂治疗，切忌用非食用菌灭菌剂。