1、尽量选择良好的栽培场所，严格加以清理，保持卫生，减少病源，给木耳创适宜的生活环境。
2、在生产过程中要全部使用洁净水；拌料时，适当提高PH值，加2%—3%的生石灰。
3、接种前要对接种箱（室）、接种袋、菌种、接种工具、封口棉塞、消毒药品等，每立方米用甲醛10毫升和高锰酸钾5克或用保菇王每立方米3—4克熏蒸消毒。
4、培养料装袋后要及时灭菌，常压灭菌100℃开始计算，要维持8—12小时，以保证灭菌彻底。
5、提早接接种栽培，使黑木耳菌丝体优先占据培育基，减少杂菌的入侵机会。
6、经常检查，发现感染的菌种和栽培袋及时剔除，同时要及时通风干燥，控制室温在20—22℃。
7、 菌袋出耳期间发生小面积霉菌，可剌开有杂霉部位的塑料袋，在杂菌部位撒上菌绝杀粉或用0.2%高锰酸钾或多菌灵溶液喷洒消毒。
8、及时清理残耳，并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
9、对于“流耳”，应当及时把木耳采摘下来，快速干制，以减少损失。流耳用小刀刮除，用毛刷蘸水洗刷流耳部位，清除粘附于耳上的胶质物，以利幼耳生出。同时，可试用25单位/亳升浓度的金霉素(或土霉素)溶液，或者500倍液的代森锌(或退菌特)溶液喷雾。