在食用菌的栽培过程中，虫害是不可忽视的重要环节，一旦大量发生，轻则减产，重则绝收。食用菌虫害和其它作物的虫害的发生不太一样。一方面食用菌子实体对药物非常敏感，在出菇期一般不能直接使用农药；另一方面，食用菌栽培期出现的虫害都在菌袋内部，害虫咬食菌丝，甚至把菌丝吃光，发展极其迅速，而且喷药很难防治。因此食用菌虫害的防治不能简单地用防治农作物虫害的方法来防治。应该从以下几方面去加以预防，把病虫害消灭在萌芽状态。
第一步，对旧菇棚和旧场地要严格处理；旧菇棚最好每年拆掉爆晒个3个月以上，或和其它作物轮作。旧菇棚没拆掉时，在使用前一定要对大棚进行彻底消毒以防虫害的发生。采用"菌灭绝敌菇虫"对大棚的上下和空间进行多次喷雾，效果十分明显。喷雾一次不可能很匀，虫害一遍不可能都打死，所以要做到喷药的连续性，才能达到最佳的效果，一般应连续喷洒四遍以上。
第二步，培养料中要加入一定量的杀虫剂，防止料内生虫；首先，熟料栽培是防治食用菌害虫的最有效的方法。但是大多数栽培户由于条件的限制多采用生料或发酵料栽培。病虫害的预防应从培养料拌料开始。栽培时培养料中应加入一定量的无公害食用菌杀虫杀菌剂。具体的方法为：公斤培养料可加入毫升菇耳菌蛆灵、阿维菌素等。不能在拌料时加入，应该在装袋前喷入料内，才能起到很好的作用。
第三步，菌袋进入大棚后，在发菌期要对菌袋进行精细管理，防治害虫进入菌袋；大多数栽培者认为只要装好大袋就不用管理了，往往就在这个时候因为农忙，一时疏忽菌丝被虫危害了，造成后期大量减产。正确的方法应该用以下几种结合进行，才能起到最好的预防和防治效果。
用"阿维菌素"喷洒菌袋的通气孔，起到封闭的作用，一次喷药，三个月有效
倍液、每隔一周喷洒一次菌袋和空间，以防菌袋生虫，使菌丝能健壮的生长。
培养料中还要适当的加入菇大壮、胖大壮、菇多生、平菇转潮王等食用菌专用营养素，可使菌丝生长强壮，加快菌丝的生长速度，从而抑制病虫的发生。
第四步，加大菌种的用量也是预防虫害的一种有方法；
栽培食用菌的过程中，加大菌种的用量可以使菌丝生长快而且健壮，虫害很难进入袋内。所以栽培时菌种量要适当大一些（至少），才能保证菌袋生长迅速而不被虫危害。
第五步，虫害发生后要及时进行防治； 发现生长期虫害发生时，要对菌袋进行熏蒸处理，使药物进入菌袋内部杀死害虫。用阿维菌素进行熏蒸，熏蒸时应对有虫的菌袋进行覆盖，以防气体外溢，影响杀虫的效果。
在出菇期发生虫害时，每100平方米菌床用多菌灵1000倍液10千克进行喷雾防治或阿维菌素直接喷洒菌袋的表面和大棚的空间，每天一次，并且连续喷遍以上，可使害虫得到有效的控制。总之，食用菌的害虫重在预防，综合防治就可彻底解决。
