有机香菇在出菇期可按照以下方法进行管理。
1、催蕾管理
一般催蕾前的菌袋不需浸泡处理，但如果存在基料水分不足的情况，则应进行浸泡后再催蕾，以使第一潮菇尽量多而肥大；催蕾的方法有很多，一般常用的方法为：
（1）自然催蕾法：浸泡后的菌袋排入菇棚，加强通风和光照，不要任何辅助措施，数日后即可自然现蕾。
（2）惊蕈催蕾法：对菌袋采用木棒敲击、地下滚动等办法，使之受到“惊吓”，现蕾速度较快。
（3）强光催蕾法：对棚内地面浇水，使之保持较高湿度，然后，揭开草苫等遮阴覆盖物，使棚内进入直射光，对菌袋进行强光刺激，很快即有菇蕾现出；但要密切观察，一旦棚温达到30℃时，即应立即遮阴，并向棚顶喷水降温。
（4）温差催蕾法：准备鼓风机和喷水器械，揭开草苫等遮阴覆盖物，利用阳光对菌袋一方面进行强光刺激，另一方面，棚内温度急剧升高，待升至30℃时，进行保温处理，使30℃保持到太阳落山后，揭掉覆盖物，打开进出口，先用地下水对菌袋进行快速降温，继之开动鼓风机向棚内吹风，然后，利用晚间的自然降温，棚内温差可达15℃以上，催蕾效果不错。
2、育蕾管理
该阶段的主要管理任务是割膜和疏蕾。首先，菇蕾现出后，仅仅是一个个的灰褐色的小“肉疙瘩”，还没有分化，但也没有触及塑膜，此时，即应及时进行割膜处理，方法是：使用锋利的刀尖（现多使用壁纸刀），环绕菇蕾将塑料膜切割成“活动门扇”的样子，既不妨碍菇蕾从中钻出，又可防止过大的风流进入，以避免基料的水分过多散发。注意：不可待菇蕾触及或顶到塑膜后再割膜，否则，将会产生畸形菇。其次，或者在割膜时、或者在幼蕾钻出后，发现有丛生的如有两个、三个或更多的菇蕾挤在一起时，即应进行疏蕾处理，方法很简单：用刀尖将边缘的菇蕾切去就行了，如果操作不方便，也可以只将其上半部分（大约是菌盖部位）削去，保留一个长相端正、形态圆整的即可。
3、蹲蕾管理
作物栽培中，有一个“蹲苗”的做法，在香菇生产中，也有类似的措施，就是蹲蕾，目的就是培育个大、肉厚的厚菇或花菇，做法很简单，就是降温。如幼蕾喜欢在15℃～22℃环境下生长，在14℃下的长速明显下降，如有条件，降温于12℃左右，甚至8℃左右，则可达到蹲蕾的目的；如果配合短时的直射光和偏低的空气湿度，将会有助于蹲蕾的效果。一般在15℃左右约持续一周左右，即可达到蹲蕾的目的。
4、环境调控
（1）温度：应根据菌株的生物特性而定。一般香菇菌株的子实体发育阶段以15℃～22℃为适宜条件，低于5℃时，子实体无法分化和发育，高于28℃时，子实体发育速度明显加快，但菌肉薄、易开伞、色泽浅、品质差。
（2）湿度：出菇阶段以保湿为主，应调控空气湿度在90%以上，如果培育花菇，则可根据其不同发育时期调控至60%～70%。
（3）通风换气：除保温等特殊要求外，一般要求棚内要有较新鲜的空气条件，应控制二氧化碳浓度在0.5%以下。
（4）适当光照：除特殊栽培环境如人防工事、天然山洞等场所需要增加光照外，菇棚要根据子实体的生长要求，通过揭盖覆盖物来调控棚内的光照，否则，光照不足时，将使菇体色泽不好，影响商品质量。