7.有机双孢菇发菌培养：培养室(棚)提前清理卫生，地面灌水，地毯式喷洒百病傻溶液，密闭2天后，地面撒施石灰粉，即可将接种后的菌种移入。发菌期间，尽量控制培养室温度在25℃左右，不超过28℃，安装水温空调的最低可降至22℃左右，一般农户不具备条件，可采用土法降温：发菌棚内地面上用砖码起20厘米高，铺上新塑料膜，将菌种瓶立式排入，灌入地下水，每天换水1-2次，即可使菌瓶内保持25℃以下。每3天左右喷洒一次药物以作预防，可采用百病傻与赛百09交替施用;发现有菇蚊类成虫时，随即喷施高效氯氰菊酯予以杀灭。
8.有机双孢菇剔杂处理：接种后第三天，即开始检查剔杂，发现任何非双孢菇菌丝的菌瓶，随即移出室外，有链孢霉菌污染的，应用方便袋从上往下套住菌瓶，慢慢移出。对一般杂菌的污染，可喷施药物后将料倒出，晒干后再次利用;对链孢霉菌污染，应远离培养室倒料，并予焚烧或深埋，空瓶用70℃以上热水烫杀，洗净后再用。
9.有机双孢菇暂时保存：约经35-45天，菌种完成发菌，暂时不用的菌种，应予低温存放，一般保持2℃-4℃条件即可。
10.有机双孢菇质量检验：双孢菇的菌丝浓白、清晰，生长有力，呈扇形生长，绒毛状菌丝多、整齐，气生菌丝洁白;现在采用最多的“2796”属半气生型品种，其菌丝旺盛、一致;没有黄白色厚菌被;菌丝浓白粗壮，遇高温时微黄、可出现少量束状菌丝，上下均匀一致。
瓶内菌丝生长不健壮、呈散乱状态，或有“退菌”、断菌”现象，料转色、结块或干缩，出现白色、浅黄色圆形块状物或不规则暗斑，有杂菌和螨类滋生，无蘑菇香味，具漂白粉或腥臭味等，均为不合格菌种。若菌丝呈淡黄白色，且菌丝萎缩，生长无力，或生长中就有菌被形成，则为培养基较湿或较老的菌种;菌种瓶内上部菌丝收缩变干，下部菌丝生长尚好，为培养基过干，培养温度过高;如果生长不均匀，表明麦粒浸泡和预煮时间不够;若生长中菌丝渐变黄，表明培养温度过高;若菌种瓶内上方出现很厚的菌被，是生产性能差或生理性状老化的菌种，不宜使用。一直在高温条件下培养的菌种，播种后不易吃料，发菌慢。