一、 发生烂棒的原因分析：
2、季节安排不当： 一是春栽黑木耳接种期安排过迟或秋栽黑木耳接种期安排过早，造成养菌期间超温，菌丝体内细胞质营养液流出，受到环境因素的影响，表现吐黄水现象。出现吐黄水的栽培袋，袋内其它菌丝被粘液包围，生理活动受到限制，菌丝逐渐死亡，高温高湿条件下各种杂菌趁机感染。 二是秋栽黑木耳栽培季节安排过迟或春栽黑木耳接种期安排过早，发菌期间气温低于20℃，菌丝生理活性低，发菌缓慢，不能迅速地占领培养料，引起杂菌感染，导致菌棒腐烂。
3、养菌期间管理不当：发菌前期黑木耳菌棒所处的室温较低，引起个别接种穴菌丝死亡，感染杂菌；发菌后期，气温渐渐升高，加上菌丝体呼吸作用放出热量，当气温超过25℃时，没有及时采取通风降温措施，发生烧堆闷菌现象；另外发菌期间通风不良，不能有效地排出培养室内的CO和其它有毒气体，使菌丝活动受阻，活力下降，引起杂菌感染。
4、耳棚未清理干净或靠近污染源：生产中使用旧耳棚，在采耳过程中培养基、子实体及已受感染的塑料袋及其它污染物未清理干净，耳棚未经过消毒，成了杂菌繁殖的培养基；有的耳棚直接靠近污染源或使用了被污染的水，直接产生杂菌，引起菌棒腐烂，造成经济损失。
5、出耳期间水分管理不当：在木耳原基形成期，浇水过早，木耳原基未封住划口，水流进或渗入划口内，造成感染。木耳原基分化期，刚形成的子实体原基处于芽孢状态，芽孢因吸水过多而发生细胞破裂，划口处菌丝停止生长而退菌，形成的子实体原基失去菌丝营养供应而停止生长，造成霉菌感染或流耳。
6、耳棚内通风不良：耳棚选址不当，或棚顶、棚周覆盖物太厚或通风不及时等原因，使耳棚内缺氧，CO和其它有毒气体积聚，木耳菌丝生活力下降，子实体生长缓慢或停止生长，为杂菌繁殖生长提供条件，发生烂耳或流耳现象。
7、采耳过晚：黑木耳子实体营养丰富且又是胶质状，采收不及时，子实体老化变薄，失去弹性，不但质量差，而且极易产生霉菌，造成流耳、烂耳现象。