能耗大
食用菌工厂化生产，如平菇的种植技术四则需要根据所生产的食用菌品种特性，创造温、湿、光、气等生活条件。这些条件的取得依赖于工业设备的不停运转，需要消耗大量的能源。从目前情况看，食用菌工厂化生产主要是中温、低温型食用菌品种，需要在低温环境出菇。因此，要实现连续出菇，必须有制冷设备的不间歇运转，其电费消耗量相当惊人，如夏季生产杏鲍菇每月需要电费50元/m2，占运行成本的1/2。就企业而言，更多的是从经济效益的角度来考虑能源问题。能源消耗决定生产成本的高低和经济效益的好坏。而就全社会而言，能源的紧缺，已成为阻碍经济发展的一大瓶颈，国家在大力提倡建立节约型社会，其中重要的就是要节约能源。从这个角度出发，食用菌工厂化生产节约能源应从以下3个方面整体考虑，即菇房设计、控制设计以及运行管理，这三者相辅相成、有机结合，才能真正实现企业的节能生产。
发菌期延长
杏鲍菇发菌时间因品种而异，一般是22～35d。若发菌期延长，原因主要有：
1、菌种活力弱。
2、菌瓶装料过紧或含水量大于65%，菌袋内缺乏充足的氧气，抑制了菌丝的生长速度。
3、发菌环境的温度小于20℃，且通风不良，或者培养料的酸碱度不适宜，也会造成发菌缓慢。因此，在栽培时，首先要选择优良的品种，是栽培成功的关键；还要注意装料的松紧度，过紧则菌丝生长缓慢，过松则菌丝生长过快，松紧度为0.65g/cm3。850mL瓶装料600～620g；含水量62%～65%；培养温度20～25℃；湿度65%～70%；pH值为6.0～6.5。
灭菌不彻底
杏鲍菇栽培的灭菌效果，直接决定了栽培的成败。不彻底的原因主要有：
1、拌料时培养料没有吸透水，料内有生心，尤以木屑、玉米芯等质地较硬的培养料多见。
2、在灭菌过程中冷空气没有排尽，热循环不好，出现了灭菌死角。
3、灭菌时间不足、灭菌过程中出现停火断气、灭菌锅（罐）内菌袋摆放过多过紧，也会发生灭菌不彻底的现象。因此，在拌料时要注意让培养料充分吸水，拌料均匀。灭菌过程中，要保证足够的灭菌时间，即121℃灭菌90min，装锅时菌袋（瓶）的排放方式应避免出现死角，使热量充分循环。
子实体多、商品率低
工厂化生产杏鲍菇，原基分化后，长出数量不等的小菇蕾。由于营养和空间的限制，若没有进行疏菇蕾，这些菇蕾大部分不能长成商品菇，因此必须及时进行疏蕾。具体做法是：搔菌后入出菇室，瓶口向下翻入1个空筐，利于菌丝恢复生长，空气湿度90%～95%，温度12～15℃，适度通风。菌丝恢复生长后，湿度降至80%～85%，形成湿度差；光照500～800lx，CO2浓度0.1%以下，7～10d形成菇蕾。如果CO2浓度超过0.1%，则菇体畸形。菇蕾形成后再翻筐，使瓶口朝上育菇，温度15～17℃，湿度90%～95%。用喷雾机调湿，不可向菇体直接喷水。当菇蕾长到花生米大小时，用小刀疏去畸形和部分过密菇蕾。每瓶应留3～4朵菇蕾。