一、根据营养物质的成分分类：
1. 天然培养基：培养基利用天然有机物配制而成。材料来源广，成本低，制作简单，但成分不稳定，不宜用作精确的科研。在生产栽培广泛使用。如马铃茨培养基、豆芽汁培养基、麦粒培养基、草粪培养基等。
2. 半合成培养基：在天然培养基中添加无机盐或在合成培养基中添加少量有机物。这类培养基是根据不同菌类菌丝生长的需要而改良的，有利于促进菌丝生长。如马铃茨培养基增加硫酸镁0.5克，磷酸二氢钾0.6克，维生素B15毫克时草菇菌丝生长特别旺盛。
3. 合成培养基：培养基成分明确、稳定。适合试验、母种分离、菌种贮藏使用。如：蛋白胨2克，葡萄糖20克，磷酸二氢钾0.46克，磷酸氢二钾1克，硫酸镁0.5克，琼脂20克，水1000毫升。适合各种菇类菌丝生长及保种。
二、根据培养基的状态分类：
（一）液体培养基：这类培养基不加凝固剂，不保留固态物，多用化合物或固态物的煮汁制成。在这种培养基中，菌丝生长快速，而且可以根据培养菌丝体的需要中途补充养分及调节酸碱度，最适合工业发酵用。如葡萄糖20克，氯化钙0.1克，蛋白胨2克，维生素B10.1克，磷酸二氢钾0.5克，硫酸镁0.5克，水1000毫升。适合侧耳的菌丝培养。
（二）固体培养基：培养基加入凝固剂或固态物质制成的培养基，有较稳定的形态。
（1）琼脂培养基：1. 斜面培养基。这种培养基可以增大菌丝的扩展面，可以观察菌丝体的生长状态。但由于培养基浅薄，易失水，故保存菌种的时间不长。2. 直管琼脂培养基。这种培养基不摆斜面，基质深厚，保持养分、保水性好，适合菌种保藏使用。
（2）草料、麦粒、棉子壳、木屑、甘蔗渣等固形物配制的培养基。
（3）种木培养基。把树木或木材制成1.2—1.5厘米长，1.5—2厘米粗的木段，或圆柱状、或锲状、或圆饼状拌入木屑、麸皮制成。接种时取木段种接入段木或袋料中。
