食用菌的菌种是用人工的方法纯培养而得到的。根据生产的需要制备不同的菌种，菌种必须在无菌条件下进行分离、转接、培养、保藏，才能保证质量。要求设立实验室、配料室、灭菌室、无菌室、培养室及配备相应的仪器、药物。
一、实验室：工作台、药物架、斜面架、显微镜、载玻片、盖玻片、恒温箱、恒温恒湿箱、冰箱、高低温度计、自记温度计、洗手池、水、电、乳酸石碳酸液等。
二、配料室：药剂架、天平分别100克、500克、2000克、三角瓶分别50、100、200、500毫升、量筒分别10、100、500、1000毫升、烧杯分别100、500、1000毫升、培养皿是9—10厘米的、试管是17.0×1.8厘米、分液漏斗、搪瓷盆是30×40厘米、铝锅、电炉、菌种瓶是750毫升、棉花用普通或脱脂、试管架、聚丙烯塑料袋（10×38、16.5×38、9×18厘米）、酸度计、广泛pH试纸、5%盐酸液、10%氢氧化钠、玻棒等物及水、电。
三、灭菌室：手提式高压蒸汽灭菌锅1.5公斤/平方厘米压力或摄氏140度，3000、7000升的高压蒸汽灭菌锅，水、电等。
四、无菌室：接种箱或超静工作台、酒精灯、接种环、接种针、接种钩、接种铲、解剖刀、镊子、高锰酸钾、次氯酸钠、甲醛、苯酚、新洁而灭、紫光灯及水、电。
五、培养室：抽风机、电炉、冷暖风机、紫光灯、孢子收集器或口径30厘米的玻璃漏斗。
制作菌种常用物品有：蛋白胨、酵母膏、维生素B1、硫酸镁、硝酸钙、碳酸钙、磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、马铃薯、玉米粉、麦粒、麸皮、米糠、稻草碎、阔叶树木屑、阔叶树木条（0.8×1.2厘米）、琼脂等。
