该所隶属上海市农业科学院，1960年建所。1966年与园艺所合并为食用菌大组，1978年恢复建所。下设机构有：食用菌遗传育种农业部部级重点实验室、遗传育种研究室、药用菌研究一室、二室、食品加工研究室、菌种保藏中心、信息中心、液体酵研究组、所开发部、菌种厂、制品厂、中国微生物菌种保藏管理委员会农业微生物中心上海食用菌分中心、上海莱福多糖制品有限公司、上海南华菌覃科贸公司、上海食用菌技术开发中心、上海农林食用菇类有限公司、中国农学会食用菌分会。试验面积 0.4公顷，建筑面积5388平方米，科研用房 1911 平方米。万元以上科研仪器设备共17台(件)，价值共 100余万。
现有职工99人，退休职工25人。其中在职专业技术人员51人， 行政人员9人，工人39人。专业技术人员中具有初级专业技术职务26人,中级专业技术职务12人,高级专业技术职务13人。
该所主要从事食用菌的种质资源保藏、鉴定、驯化研究。利用生产技术、生物工程等手段进行新品种选育和栽培技术及保鲜加工、保健食品和药用菌的研究和产品开发。
