常见病害有绿霉病等杂菌感染、细菌性腐烂病；常见虫害有菇蚊。病虫害防治以防为主，药剂防治为辅的原则。选择农药必须高效、低毒、低残留，符合无公害白灵菇生产要求。
1.绿霉病。白灵菇发菌期的病害由木霉菌引起，可造成菌袋污染。发病环境条件：发菌期间出现高温高湿，空气不流通，引起绿色木霉感染。防治措施：在拌料时添加3%-4%的生石灰，调高培养料的ph值，可有效抑制绿霉菌的发生。及早通风降温，把感染杂菌的菌袋清除出菇房。保持发菌场所清洁卫生通风良好，菌袋点片发生绿霉时用5%石灰清液注射霉菌斑及周围培养料，抑制绿霉菌生长。
2．链孢霉感染。链孢霉是食用菌生产中最常见的恶性杂菌，分生孢子堆呈橘红色，又称红霉。菌袋感染后，在28-30℃的高温、85%以上的高湿环境下，其繁殖速度极快，隔天即形成橘红色分生孢子堆，稍有振动，孢子便散发到空中，传播能力极强，容易造成整棚、整发菌室感染，严重影响成袋率。培养基ph值低于6.5，空气相对湿度超过80%有利于链孢霉传播感染。
处理措施：养菌室应每天观察2-3次，发现链孢霉感染，不要慌，用蘸湿0.1%的多菌灵水溶液或柴油、酒精的破布、卫生纸等。轻轻包严患处，待分生孢子堆消失后，把病袋轻轻拿出，深理或烧毁。随后用0.1%多菌灵药液或100万单位链霉素加水7.5千克喷雾，密封24小时通风，空气湿度控制在70%以下。
预防途径：养菌室应提前用0.1%多菌灵或链霉素喷雾消毒；配料中，把玉米粉用量降至4%，同时加入0.1%含量50%的多菌灵和1%-2%的生石灰，ph值调到9-10。出锅时，菌袋防雨淋；凉袋、养菌处空气湿度控制在70%以下；场地周围应消灭传染源。
3．细菌性腐烂病。出菇期病害引起白灵菇子实体为黄色水渍状斑点其后腐烂，有异味。发病主要环境条件为菇房湿度太大，通风不足，水直接喷于子实体上，管理用水不浩，室温过高，长时间超过24℃。防治措施：严格控制空气湿度不超过90%，保持适当通风，水不与菇体直接接触，使用清洁水，避开高温天气或采取降温措施，防止昆虫进入菇房。
4．常见虫害。白灵菇生产过程中常见虫害有菇蚊，菇蚊是阿魏菇的大敌，为预防菇蚊成虫钻入菌袋产卵，致使菇蚊大量吞食菌袋菌丝，导致绝收，应推迟菌袋脱袋时间，即当见到菌袋内出现阿魏菇子实体原基后，再拔出菌袋棉花塞，为子实体发育增加新鲜空气，在子实体长大至2厘米时再剪去塑料袋上部多余部分塑料袋，让子实体接触更多空气、光照和水分。为防治菇蚊，在出菇期菇棚所有通风口覆盖60目防虫网，以防菇蚊成虫飞入，也可在菇棚内悬挂黄板，黄板规格为25厘米×40厘米，每个菇棚悬挂5-6个，诱杀进入菇棚的菇蚊成虫。
